后来猿飞日斩成了三代目火影，志村团藏成为了火影辅佐，他在三代目的授权下建立了根组织。
有些事火影不方便做的，便由他来做，团藏和“根”成为了木叶最直接有效的利剑。
以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁。从那时候开始团藏就成了黑，而他的黑让猿飞日斩能够保持白。
在第三次忍界大战中木叶与岩隐村的战事陷入了胶着。
越来越多的年轻忍者献出了生命，为了避免牺牲继续扩大，三代火影向岩隐村递去了和平协定。
胜负未分，岂能停战？
志村团藏对猿飞日斩的做法很不满意，他指责猿飞日斩让之前付出的牺牲白费。
猿飞日斩无言以对，他是火影，要为战果负责。
为了给这场“付出巨大牺牲却没打赢”的战争一个交代，他辞去火影一职。
在推选下任火影的会议上，团藏推选大蛇丸，大蛇丸虽然是猿飞日斩的徒弟，但他冷酷无情的做派和团藏是一致的。
不过猿飞日斩否决了。
他以大蛇丸得不到人心的理由封住了团藏的嘴。
猿飞日斩推荐在战场上屡立奇功的“黄色闪光”波风水门为火影。
但是团藏不服，他质疑道：
“水门太年轻了！”
然而面对团藏的质疑，猿飞日斩表示自己退位后会持续指导他。
志村团藏被激怒了，你来指导？那木叶岂不是要一直软弱下去？
他和猿飞日斩的关系迅速恶化，以至于后来九尾之乱发生，水门牺牲后，猿飞日斩重登火影之位，忍无可忍的团藏甚至策划刺杀日斩的行动。
然而面对团藏明目张胆的谋利，猿飞日斩又原谅了他。
“有光的地方必有黑暗，缺了哪一方世界都无法正常运转。”
猿飞日斩的话让志村团藏听懂了。
团藏道：
“你是光，我是暗，一直如此。”
这次刺杀反而让他们重归于好了。
好人你来当，坏事我来做，有锅我来抗。
这就是团藏，黑暗中的另一个“三代火影”。
你是沐浴阳光的树叶，我是地底黑暗的根。
这句话很好的形容了猿飞日斩和志村团藏。
只可惜当猿飞日斩为了村子牺牲了，团藏的黑暗也就失去了意义。
他想效仿二代火影千手扉间，自己变成光，但是他又没有扉间，日斩的勇气。
他早已被证明没有成为火影的资格。
后来，当他以“为了村子”当做挡箭牌时，他就注定会失败。
秦玉打住想法。
将六个影的形象，性格等等印象输入系统。
很快从虚空中踏出一位穿着红色火影服，头戴火影斗笠的白发老头，脸部布满皱纹，嘴里还不忘叼着烟斗。他就是被誉为「忍术教授」的猿飞日斩。
随后同样穿着红色火影服，头戴火影斗笠的黑发独眼老者从猿飞日斩背后走出，就好像是从猿飞日斩的影子中出来似的。
被秦玉创造的团藏，已经开始用上写轮眼的力量了。